Immune tolerance有兩種定義：
定義A：Tolerance to self antigen。
定義B：Tolerance to non-self antigen。

定義A之前有寫過：
https://wleemc.pixnet.net/blog/post/118940760
T cell發育過程中，在Thymus要先篩除T cell receptor能辨識自我抗原(self antigen)的T cell。這些T cell clones在3歲時就可達10^7-8，此後變化不大，青春期過後Thymus萎縮就停止發育。

當外來抗原(Antigen-X)入侵時，在淋巴組織(Mucosa-associated lymphoid tissue、lymph node、spleen)，Antigen-X-specific T cell會活化，如果這個T cell clone會辨識Self antigen，該T cell就會死亡。只有無法辨識Self antigen的Antigen-X-specific T cell能被活化、分裂。

Antigen-X-specific T cell在上述淋巴組織活化分裂，在感染處進行Lymphocyte infiltration，形成Tertiary lymphoid tissue時，會進行第三次篩選，再次確認Antigen-X-specific T cell無法辨識Self antigen。

定義B有許多方式存在：
1. CTL能清除Cancer cell，從人出生後，每天都在發生，這是99.9999%的定律，當0.0001%的例外發生時，Cancer cell已累積數百個CTL認不出來的突變(CTL tolerance to cancer cell)。Cancer cell 死亡後，被Dendritic cell 吞食，將突變的抗原訊息傳遞給Th cell，啟動T cell immunity，將Cancer cell局部化，使Cancer cell缺乏血液及氧氣供應而死亡。如果Cancer cell能用Autophagy存活下來，進一步突變，就會演變成Th cell tolerance to cancer cell，癌細胞就會擴散開來。

2. 新生兒的T cell非常原始，如果感染B型肝炎病毒(HBV)會形成特殊的T cell tolerance to HBV，恰巧HBV能與肝細胞和平共存，肝細胞就讓HBV寄生。隨著T cell的發育，約70%出生時感染HBV的人，大約在25歲以前會有CTL辨識出HBV為Non-self antigen----->Initiation of T cell immunity---->HBV clearance。

3. 慢性感染如肺結核，T cell immunity能把結核桿菌局部化，但大約有0.3-0.5%的人，Macrophage吞食結核桿菌之後無法有效將其分解，造成Macrophage tolerance to Mycobacterium Tuberculosis (MTB)，可能原因是MTB劫持Macrophage的death pathway(Apoptosis/Necroptosis)，使Macrophage失去正常的吞食-分解功能。

CTL與Th cell只要活化，就會有相對應的Treg cell出來進行調控，否則會出現自體免疫疾病。Immune tolerance to self antigen需要Natural Treg cell調控；Immune tolerance to non-self antigen是受Induced Treg cell調控。