許多醫學系學生有研究的憧憬，下文「80%研究都是錯的 醫學效果被誇大」值得參考。
對醫學系畢業生而言，不宜貿然放棄臨床，最好先做完專科與次專科再考慮要怎樣做研究或轉行做其它。另外，常有醫學生問我到美國發展好嗎？美國正在沒落，可以去讀書，增廣見聞，但不適合長期發展。NIH 研究計劃通過率3-5%，二十年前是30%，以後只會更少。
上週五美國Federal Reserve宣布利率走向之前，週五晚上老婆問我會升還是維持原狀？她說會升，現在如果不升，以後升的風險更高。我認為不會升，因為美國不敢升，現在全球股市瀕臨崩盤，只要有任何風吹草動，都可能讓道瓊一洩千里。不升維持原狀總比升了踩到地雷好。結果沒升，我猜對了！老婆說：「衰退早已步步逼近，美國一直不敢誠實面對。」
到美國發展好嗎？現在到美國追夢，大多數的人恐怕會鎩羽而歸。宜慎之！80%研究都是錯的 醫學效果被誇大
http://udn.com/news/story/9/1199252 史丹福大學研究革新中心主任教授約翰‧約安尼季斯（John Ioannidis）今受邀來台開講，指出多數的醫學研究可信度仍待考驗，容易誤導社會。
約翰是醫師，也是流行病學、公衛、統計學者，成名作是2005年發表《為何大多數發表的研究都是錯誤的？》，至今仍是PLoS Medicine下載次數最多的技術論文。他說，目前發表的醫學研究中，有8成常見的非隨機研究，其結果都是錯誤的。他舉例，像是維他命E可降低心血管疾病死亡風險、類黃酮會降低80%的心血管死亡風險，低卡飲食會明顯降低癌症、心臟病、中風、乳癌風險，吃水果可降低9成罹患乳癌機會等，「研究結果被誇大或過度概括（over generalizing）。」
許多醫學研究缺乏驗證，約翰的研究團隊將同樣數據，以另一種統計方法分析，竟得出完全相反的結論。研究團隊於2005年曾針對同主題分析大陸、歐洲及美國研究，發現大陸研究的藥物療效都較歐美研究增加2至3倍，甚至高出8倍紀錄，推測這些差異可能跟文化有關。他強調，對任何醫學研究都應小心解讀。
「顯著不一定等於可靠。」約翰說，許多研究都達到「統計顯著」，結果卻不見得可靠。例如1994年曾有TNFA基因與腦性瘧疾關係的醫學論文，發表在國際期刊《Nature》上，多年來被引用超過1000次，包括研究相同基因不同疾病、不同基因相同疾病、討論、新聞等，卻沒有任何一篇是反覆確認的研究，直到10年後有其他研究團隊根據原始資料重新分析，並進行更大規模研究，才發現兩者毫無關連，卻一直被錯誤引用。
約翰指出，這些偏差可能是刻意的、無意地、甚至不知情的情況犯下的，因研究者通常傾向選擇對自己有利的方向解釋，所以對於新的研究最好不要全盤接受，須待時間、更多研究檢驗。
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http://www.nobelprize.org/nobel_prizes/medicine/laureates/2013/press.htmlYale's Fergus F. Wallace Professor of Biomedical Sciences James E. Rothman, UC Berkeley's Professor of Molecular and Cell Biology Randy W. Schekman, and Stanford's Professor of Molecular and Cellular Physiology Thomas C. Südhof today were jointly awarded the 2013 Nobel Prize in Physiology or Medicine. The Nobel Assembly at Karolinska Institutet in Stockholm, which awards the prize in physiology or medicine, cited "their discoveries of machinery regulating vesicle traffic, a major transport system in our cells".
Winners of the 2013 Nobel Prize in Physiology or Medicine--James E. Rothman, Randy W. Schekman, and Thomas C. Südhof, together with a diagram summarizing their discoveries (Photo: Nobel Foundation)
得獎主題
：細胞內蛋白質與神經傳導物質如何運送至細胞外.wleemc 發表在 痞客邦 留言(0) 人氣(397)
曾有學弟問我做研究該怎麼起步？其實醫院裡的研究題材隨處可得，關鍵在：你有無用心去想問題？基礎的生物化學與分子生物學的知識夠不夠？有沒有去嘗試閱讀相關的科學期刊？學生時期的時間最充裕，如果你只讀一些膚淺的共筆與考古題，考一百分對研究並沒甚麼幫助。未來一二十年，你若不做研究，退伍後會在外面的地區或區域醫院轉來轉去，看看下面的新聞：http://www.ettoday.net/news/20120408/37664.htm#ixzz1vnOjFyvF
怎麼各科都缺人？你要去嗎？去了好嗎？能習慣裡面的生態嗎？裡面有沒有不為人知的黑洞？
做醫美好嗎？大家都去做，十年後的市場又如何？到時你還會看病嗎？
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軍醫院裡不時會出現中暑的軍人，有的很嚴重，會發生橫紋肌溶解，甚至造成急性腎衰竭。你能得到的檢體只有血液，血液中有白血球，白血球裡有 mRNA。你可以用基因體研究的模式，探討 "中暑時" 與 "恢復後" 白血球基因表現之差異。「基因體」聽起來有點嚇人，其實很簡單，現在有晶片可以快速檢測細胞 mRNA 的差異性，你只要有mRNA就可以做研究。收集十幾例中暑的軍人，治療前後白血球裡的 mRNA 一定會有變化，只要你有心去做，三年之內可以發表一篇不錯的 SCI 文章。
從部隊到軍醫院，你所遇到的軍人都很健康，但他們身上真的沒病嗎？體有體癬，足有足癬，細菌與黴菌是原因之一，把那些癬的屑屑收集起來，病例很多，你不做研究，找不到病例，你若想做研究，每個軍人身上都有。那些屑屑能做些甚麼？你去 PubMed 與 NCBI (www.ncbi.nlm.nih.gov) 搜尋，把可能的菌種找出來，設計PCR (Polymerase Chain Reaction) 的 Primer，用PCR來分析菌種，也許你會有意外的發現！
生物化學、分子生物學、mRNA、基因體、PCR，你若短視近利，這些東西沒有一樣能當飯吃；但你要知道，沒有這些東西，你的醫學概念會停留在三十年前。掌握這些武器，才能掌握你的未來。老子說：無用之用，方為大用；道理很簡單，卻不是每個醫學生能理解。
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我上課時喜歡用講故事的方式來描述一個簡單且重要的概念，研究所的選修課，選課的學生通常會出現 “個位數”，我開的課則每每湊成一班四、五十人。
有人說唸原文書沒甚麼用，應該把原文書當字典一樣的工具書來查，我則不那麼認為。查原文書，你得到的是片段的知識；上課指定的原文教科書，裏面有許多前人研究的智慧；你用查的，只查到結果，但結果以前的「過程」卻被你忽略了。
1960 年代以前，一直有一種 RNA 病毒會造成動物的腫瘤，那時的遺傳學概念是由 DNA 製造 RNA，再由 RNA 製造蛋白質，研究上述病毒的人也對這個模式深信不疑。1960 年代以前，上述病毒的複製模式被認為是用 RNA 製造 RNA，但在Howard Temin 的實驗室發現 Actinomycin D 會抑制上述病毒的複製，但 Actinomycin D 卻是一種抑制 DNA 複製 (replication)的藥。因此出現下面的假設：
上述病毒的 RNA 複製過程中有 DNA 合成。
在 1960 年代，能用 RNA 合成 DNA，你會相信嗎？
其後的結果是：上述病毒的 “核酸聚合酶”具有「RNA合成 DNA」 與 「DNA合成 RNA」的雙重功能。因為此項 “逆轉錄酶 (Reverse transcriptase)” 的發現，人類的 mRNA 可以全部轉為 cDNA，然後插入質體 (Plasmid) 在細胞中製造蛋白質，成為現在實驗室中不可或缺的工具。
我沒有宗教信仰，但我相信世界上只有神能憑空創造一切，平凡的人類只能根據前人的經驗與智慧累積這個世代的知識，沒有前人留下的東西：病毒、RNA、DNA、Actinomycin D，Howard Temin 不可能發現 Reverse transcriptase。後來，那類病毒就被命名為 Retrovirus，AIDS 病毒 (HIV) 就是其中之一。
做研究怎樣起步？
學生時，要多讀原文書，讀出知識累積的 “過程”，而不是只討論 “結果”。
實地操作實驗，掌握研究方法。你的手必須熟悉儀器、試劑、藥品，將來才能指導助理與研究生，否則研究觀念會離譜到被助理與研究生恥笑而不自知。
學生時期，「培養觀念」比「做出甚麼」重要！
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好幾位學弟妹問我關於研究的事，也有陽明學生問我「醫師科學家學程」。我有一位陽明醫學系的學生參與這個學程，但不管weekday 或是 weekend 都無法久待實驗室，每學期單是例行的課程就 20 多個學分，的確很難分身踏進實驗室。基本上，我並不鼓勵醫學生加入這個學程，因為我知道做研究的難處。醫學生免不了要接受疲勞轟炸般的考試，一個禮拜沒唸書，照鏡子時自己都會覺得愁容可憎，再這樣下去會不會「二一」？做研究，十天有九天在做白工，與其耗在那裏，還不如先把醫學的專業讀好。
我在美國待的實驗室有兩位 MD, PhD student ，他們和我一起進實驗室。我只唸 PhD，四年畢業要離開時，其中一位想先回醫學院把 MD 拿到，另一位想 quit PhD；他們的同學，MD 四年畢業，住院醫師都快結束了，看到自己卻一事無成，連 MD 都還沒拿到。我認為有了臨床經驗，研究的思路會比較寬闊，避免陷在基礎理論的象牙塔中。
關於研究，我建議學弟妹不要荒廢暑假的兩個月 (三週放假，其他時間多半待在學校閒著)，兩個多月可以做完一次 DNA cloning + Gene expression，你可以學到：
Plasmid purification and DNA preparation
PCR technique
Restriction enzyme digestion
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我們的入伍結訓日是10月30日，結訓典禮時我還站在烈日下，咬牙忍著南部酷熱無風的秋老虎，吃過午飯搭火車北上時，嫌冷氣不夠強，我將車窗打開來透氣。在我身邊唯一的書是放假在高雄閒逛時買的大陸書店出版的英漢字典。為何要買這本字典？因為是特價，想省幾十塊吃冰的錢，放假出陸官校門的第一件事是到鳳山街頭吃 "兩碗" 剉冰。我翻著字典，天色漸暗，不知不覺火車已越過新竹，窗外吹進來不再是舒適的涼風，儘管身上穿的是長袖軍服，我已感受到秋末沁骨的寒意。火車越往北開，我的心越發覺得空虛，自從七月放榜我決定要唸國防後，腦子裡盡是些不切實際的醫學幻想。自鳳山搭上火車時，心裡直覺是一種入伍後的解脫，然而才幾小時的心靈小憩，天色大變，這班火車彷彿即將載著我駛進另一個難以脫身的泥淖中。走入車廂前方的洗手間，鏡子裡依然看見草綠服上陸軍官校的金黃色領章，從陸官到國防，不久之後直到永遠，這並不是一條尋常的路。鐵軌的盡頭是繁華的台北，我將回到自己熟悉的城市，一個理想與夢想交織的城市。從羅斯福路拐進汀洲路到達水源地，那兒就是老國防人曾經有過的家。
一上的課很單純，普生、普化、微積分，我買了三本原文書；國文、英文、中國通史、國父思想，這些課有公發的教材。我不認為唸原文書對考試有何幫助，甚且會幫倒忙，讓你考得更差，因此，修完課後常被以 "新書" 轉賣給學弟。我喜歡國防，並不是因為她有甚麼名氣，入伍之前，我替自己美化未來的母校，進來之後，我才開始真正了解她。我的母親有一句銘言：「娘不嫌兒髒，兒不嫌娘醜。」我要是那麼優秀能考上台大陽明，當年或許不會在國防投胎吧！真要感謝台灣有個不嫌棄我的國防醫學院，既然已經投胎做了人家的兒子，給我錢、給我吃、給我住、給我穿、給我教育，母親外在的醜，我心裡十分清楚。許多習慣，久了便成理所當然，當我每天讀著一頁頁的原文書時，早上起床很自然地穿上草綠色的軍服早點名，日復一日，年復一年，我知道要是我唸了台大或陽明，為了生活，恐怕沒有多少時間讓我慢條斯理地推敲書本上每一句晦澀難懂的英文。
從普生、普化、微積分，我開始漫長地追逐浩瀚如煙海的醫學，那本普化寫得很棒，算是我一年級唸得最有心得的原文書。每一個篇章結束，作者會寫出感性的科學評論。我記得熱力學那章末尾，作者講述地球能量的來源，當我在陽明山看到嫋嫋煙霧從地底冒出時，普化教科書裡的文字隱約浮現在我的腦海中。因為地心是熱的，所以太陽離開地表時，地殼才不會急速冷卻，植物才能存活，白天行光合作用生長，牛羊才會有草吃，人類才有牛羊的肉吃。我們活在地表，嫌太陽熱，從不曾意識到，有一天陽明山不再冒出嫋嫋煙霧時，這個世界的生命會怎樣變化？我們加油時，只管汽油進入油箱，從不曾想過古生物因地殼變動埋藏在地表深處，因高溫高壓逐漸分解成碳元素，固體為媒，液體為石油，氣體為天然氣，所有的能量全部來自地熱與太陽。
普生與普化原文書對大一新生而言，仰之彌高、鑽之彌堅，不管你發下多重的毒誓，頭懸樑、錐刺股，相信學長，你唸不完，就算唸完，考試也未必順心。大學之道，在從已知探索未知，已知的東西在教科書裡，考試只是一種手段，讓你有一個動力去追求已知的東西。知識無窮，人的能力有限，老師必須將考試的內容設在一定的範圍內，否則必須做 Open-book exam。考完試，不代表你懂或不懂，知識仍在教科書裡，老師講到的部分也許很重要，沒有講到的東西更重要，因為那些定論不清的問題才是未來醫學研究的焦點。
我沉溺在原文書裡兩三年後，才慢慢調整自己的閱讀方法，在考試上吃了不少虧，但對我的未來似乎沒有甚麼影響，死抱原文書讓我在畢業後游刃有餘地撰寫英文並發表文章。原文書讀第一遍時，不要貪心想全盤理解，越貪心你的挫折會越大。三上修 "神經解剖、組織學、胚胎學"，課好重又難懂，我陷入貪心的泥淖，期中考完好傷心。那年寒假，我重新閱讀每個章節，發覺不為考試讀書真快樂。你現在若問我：「唸國防好不好？」如果你像我一樣喜歡躲在宿舍寢室的某個角落，好奇地讀過原文書裡的一字一句，該吃飯的時候有飯吃，該睡覺的時候有床睡，不要考慮畢業後會怎樣，那你就來吧！軍費生、自費生、代訓生都一樣，未來的路絕非你現在能想像，即便是台大與陽明的畢業生，將來能順利留在台大或榮總的人不到 5%，其他醫師都要經過漫長的掙扎，然後找到一個不滿意但可以勉強接受的位置。
大約到四上修病理時，我練出一套讀原文書的方法，每一個段落看完後，將陌生的重點做順手的塗鴉，不必寫得很整齊，只要自己看得懂就好。「塗鴉」就是一種心得，值得你反覆閱讀思索，課重時，你可能只有時間「塗鴉」一次，考前沒辦法讀第二遍原文書。考完後，當你有時間讀第二遍時，也許就可整理出一個有條理的頭緒。原文書寫得很冗長，你不必害怕讀完會遺漏些甚麼，遺漏的部分，共筆可能會有，交互閱讀，你就能掌握大部分的內容。考試前，讀你的塗鴉 (或最後的筆記) +共筆，不難應付。我唸厚達 2000 頁的內科學教科書就是經過「塗鴉」然後整理成筆記，學生時唸 Cecil，考內專時唸 Harrison，以我的專長肝膽腸胃科而言，在教學門診時可以從基礎到臨床，滔滔不絕跟學生討論兩三個小時。
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下文改寫自第1222期商業周刊『德國奇蹟』：漢堡 (Hanburg)，絡繹不絕的船隻進出著，近十層樓高的起重機井然有序地排列在碼頭，上上下下地裝卸著貨櫃，電動車則忙碌地穿梭在各個倉庫間，這裡是德國出口旺盛的縮影。儘管歐元升值，德國出口毫不受影響，去年逆勢增加 9.4%，單是出口至中國的淨額就勁揚 45%。這個面積比中國一個省還小，人口僅八千二百萬的國家，總出口金額在七大工業國中居第二，直逼美國。強勁的出口帶動快速的經濟成長，去年德國經濟成長率達3.6%，是七大工業國第一名。在富人國度中，德國經濟拿下第一名的榮耀，克服東西德統一的歷史的障礙，蛻變成歐洲的發電機。十年前，德國被《經濟學人》(The Economist) 嘲笑為「歐洲病夫」，當時，德國經濟成長率僅 1.5%，失業率卻高達 10.7%。同一時間，英國、愛爾蘭則全力擁抱高成長的金融業，嘲笑德國像個不知變通的老伯伯，死抱社會主義，跟不上時代潮流。然而，一場金融海嘯讓局面一百八十度逆轉，高度操縱金融槓桿的國家現出原形，美國是這場海嘯的罪魁禍首，英國則成為新「歐洲病夫」，「歐豬五國」(葡萄牙、西班牙、義大利、希臘) 更引爆歐債危機，德國的表現堪稱出類拔萃，顯得一支獨秀。過去九年，德國人變得有錢了，人均生產毛額 (GDP) 成長幅度達 19%，貧富差距卻沒有拉大 (4.3倍，比台灣的 6.3 倍還低)。成長，不是德國令人驚嘆的唯一原因；讓全民「有感成長」，才是「新德國經濟奇蹟」的關鍵。高經濟成長，低失業率，貧富差距縮小，「德式成長」堪為全球典範。----------------------------
在國防的四年級，我有「目的」地學習德文，從 22 歲到 32 歲共十年，直到赴美唸書前一年止。如果你學習第二外語有甚麼特殊的目的，建議你學習德文，「一場金融海嘯讓局面一百八十度逆轉，高度操縱金融槓桿的國家現出原形」，德國這個國家值得你深入研究，從德語的句型與文法，不難看出這個中規中矩的國家是如何一步一腳印建構自己堅實的科學與工業基礎。http://www.wretch.cc/blog/wleemc/10312520wleemc 發表在 痞客邦 留言(1) 人氣(456)
從病人血中的白血球或腫瘤組織純化 Genomic DNA，目前最常用來做 PCR，探討遺傳疾病或癌細胞的基因變異。純化過程最後一步是用 Isopropanol + NaOAc 將 DNA 沉澱，並用 70% Ethanol 清洗 DNA，然後使之乾燥，但有許多問題會影響接下來的 PCR 實驗。
1. 沉澱後的 Genomic DNA 難溶於TE buffer (或水)。
2. Genomic DNA 溶於TE buffer (或水)，但呈現黏稠狀，加熱會變澄清，回室溫又逐漸呈現黏稠狀。
如果有以上兩種情況很麻煩，原因是蛋白質沒清乾淨 (Phenol/Chloroform 萃取)。因為 Genomic DNA 的長度無限，若與蛋白質糾纏一塊兒沉澱下來，你很難再將蛋白質除去。之前的文章有提及，在做 Phenol/Chloroform 萃取前，將 Sample 分成 1/3與2/3 的兩管，先萃取 1/3 那一管。如果發生 DNA 沉澱難溶或溶解後呈黏稠狀，算是純化失敗。你不要用這種 DNA去做 PCR，硬做下去，結果會讓你失望。你必須寄望於剩下的 2/3 那管 Sample，再加一點 Proteinase K，讓蛋白質完全分解，重新做萃取與沉澱。
如果你已經沒有剩下的 Sample 怎麼辦？設法救救那個劣質的 Genomic DNA。
將約 0.5 ml 之 1% SDS (in TE) 加入上述難溶或溶解後呈黏稠狀的 Genomic DNA，然後加熱至 80oC 30分鐘。接著加入 Proteinase K 置於 50 oC overnight 使蛋白質分解，然後是萃取與沉澱，希望這樣能挽救 Genomic DNA。
做 PCR 時，1-2 mg Genomic DNA 綽綽有餘。品質差的 Genomic DNA，你用 10 mg 照樣做不出來。
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學弟們好像有被安排進老師的實驗室，有一位學弟提到Genomic DNA 之純化，很多人不曉得其中的 tricks，實驗常失敗，下面是我的經驗：
如果你用 Commercial kit 去純化，要注意細胞 (白血球) 數目不宜過多。
純化的原理是用1% SDS (in TE buffer) 將細胞溶解，然後加 Proteinase K分解 DNA-binding proteins。Proteinase K 要作用overnight。另外要加 RNase A 分解 RNA。
此時你要注意，Proteinase K 常常無法 將 DNA-binding proteins完全分解，但你很難確知 DNA-binding proteins是否真的完全分解！
下一步是 Phenol/chloroform 萃取，注意把 Sample 分成兩管，一管 1/3 另一管 2/3，只萃取 1/3 那一管 (萃取是除去蛋白質碎片)。
離心之後，只吸取上清液 “上面3/4”，下面 1/4 沒把握就不要吸，Interface 很髒勿碰。當你吸取上清液時，如果有東西自 Interface 被 Tip 拉上來，那就是DNA 與 DNA-binding proteins ，這很麻煩，代表 DNA-binding proteins 沒被完全分解。你必須再去離心一次，然後只吸取上面 1/2，其他忍痛丟掉。
萃取兩次之後，加 0.1 volume 3M NaOAc pH5.2 與 1 volume Isopropanol 充分混合後離心將 DNA 沉澱下來。
如果你的下一步實驗 (例如 PCR) 做不出來，很可能是DNA的品質有問題，多半是上述 “Proteinase K 沒將 DNA-binding proteins 完全分解”。 DNA 的品質不好無法挽回，因為 DNA 與 proteins 一起沉澱後就分不開。此時別緊張，你還有 2/3 的 Sample，再加一點 Proteinase K，設法讓 DNA-binding proteins 完全分解。接下來拿一半Sample 去做 Phenol/chloroform 萃取，重覆上面的離心與沉澱。
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