人生沒有用不到的經歷

10月21日又有三名台灣人赴日在機場被篩出新冠病毒陽性，中央流行疫情指揮中心專家諮詢小組召集人張上淳表示，透過管道拿到日本使用的抗原檢測試劑說明書，內容提及日本準用之前的臨床試驗，325人檢測，發現30名檢出陽性者當中，只有22人核酸檢測是陽性，顯示真陽性機率只有73%，因此這3例確診者很可能是偽陽性。

真陽性機率73%，偽陽性機率是27%嗎？
要計算偽陽性機率，版主也要把流行病學教科書拿出來查一下怎麼算。但現在網路上甚麼都有，台大醫師已經替張上淳教授算好了：
https://linshibi.com/?p=37881
上文中的計算，日本所使用的新冠病毒快篩試劑，陽性預測值是73.3%，偽陽性機率是2.7%。
該文作者註：每次遇到這個都很怕還給老師了，要查查書才確定自己沒算錯。

根據台大醫師的計算，10月21日台灣輸入日本三個陽性病例都是偽陽性的機率是2.7% x 2.7% x 2.7% = 0.002% (十萬分之二)，從數字便知不可能三例都是偽陽性。

三例都偽陽性機率那麼低，至今共有13名台灣人在日本機場被驗出陽性，由此不難看出，新冠病毒早已駐足台灣社區，許多人是無症狀的潛隱性感染(Occult infection)，鼻咽黏液檢體不一定能用PCR測到病毒核酸(RNA)，必須採集到鼻咽的活細胞才有機會測到Real time PCR Ct值小於35(確診陽性)。

網路上有許多駭人聽聞的研究，說新冠病毒有多利害，其實任何病毒只要離開細胞壽命都不長，因為蛋白質與核酸在常溫攝氏15-35度都會老化，所謂老化是分子鍵結(Molecular bond)的能量會隨時間而消失(熱力學第二定律)，鍵結能量一旦弱到某個程度，構成蛋白質與核酸的分子鍵就會隨機斷裂。
 
熱力學第三定律：完美的晶體在絕對零度(-273℃)具有完美的秩序，其亂度為零，因此維持共價鍵(C:H)的能量要在-273℃之下才不會消失。
熱力學第二定律：若非-273℃，宇宙的總亂度與日俱增，因此維持共價鍵的能量在常溫下一定會逐漸消失。

 
上圖A：VVTGVTA是a-synuclein的一個Epitope(七個胺基酸)，與該Epitope結合的抗體CDR(complementarity determining region)上的胺基酸序列是FQEAVSG，其中G=V, V=T, E=V, F=A 是以疏水性彼此靠在一塊兒(Hydrophobic interaction)。
上圖B：抗體CDR(complementarity determining region)上胺基酸序列FQEAVSG的位置。
https://www.pnas.org/content/112/32/9902

新冠病毒的RNA只要斷一兩個分子鍵結，Real time PCR就做不出來，可是許多病毒蛋白即使有多處分子鍵結斷裂，被篩檢試劑抗體識別的Epitope上5-10胺基酸仍然完整(如上圖抗體-FQEAVSG識別a-synuclein的一個Epitope-VVTGVTA)，因此快篩試劑仍能測到蛋白碎片上的Epitope而呈現陽性。

在Occult infection，病毒受免疫系統anti-viral cytokines的影響，只少量存在細胞內，不會造成Cytopathic effect，即細胞不會因病毒感染而死亡，只有當細胞自然衰老死亡才會釋出病毒。病毒被釋出後，必須有能力再進入新細胞，否則RNA很快就會發生分子鍵結斷裂(--> PCR做不出來)，但蛋白質即使老化而有多處分子鍵結斷裂，病毒蛋白碎片仍能保留抗體對應的Epitope(只需5-10胺基酸)。因此，當只有Occult infection，快篩抗體能測出陽性，但Real time PCR大部分都是陰性。

青島市爆發新冠肺炎，中國在五天之內取得1000萬個鼻咽黏液檢體，捨棄快篩，將每十個檢體混合成一個，直接做出100萬個PCR陰性，代表即使有人感染也是無關緊要的Occult infection。