人生沒有用不到的經歷

2019-nCoV的RNA genome及各個蛋白的胺基酸序列如下面的NCBI網站：
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/MN908947

SARS-CoV genome所對應的蛋白排列如下：
 
https://www.nature.com/articles/nri1732
把ORF(Open reading frame)-1a + 1b(orf1ab polyprotein)的胺基酸序列輸入NCBI Protein Blast：
https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?PROGRAM=blastp&PAGE_TYPE=BlastSearch&LINK_LOC=blasthome
按下「BLAST」可得到下列比對：
 

如上圖，目前在NCBI 可查到三個2019-nCoV orf-1ab polyprotein的胺基酸序列，與之最相似的是Bat SARS-like coronavirus (AVP78030.1)，相似度95.55%；2019-nCoV與2003年造成SARS的病毒之一SARS coronavirus GZ02的相似度只有86.15%。

把2019-nCoV Spike protein的胺基酸序列輸入NCBI Protein Blast：
 
最相似的是Bat SARS-like coronavirus (AVP78031.1)，相似度81%；與SARS coronavirus GZ02的相似度只有76.27%。

如果有興趣可以點進個別的比對，例如Spike protein 2019-nCoV(MN908947.3)與Bat SARS-like CoV(AVP78031.1)胺基酸序列的差異：
   
相對於Bat SARS-like CoV(Sbjct)，2019-nCoV(Query)spike protein有單點突變(Mutation)，插入胺基酸(Insertion)，刪除胺基酸(Deletion)。基本上能活下來的2019-nCoV變異，都是自然篩選出來有功能的Spike protein(三級結構變化不大)，若能與ACE-2結合，就能感染人類呼吸道上皮細胞。如果某種Spike protein的變異使得蛋白無法正常Folding，這樣的CoV RNA無法形成病毒顆粒，會自然淘汰。因此你會發現某些胺基酸永遠不會改變，因為一旦改變了，就可能被淘汰。

網路上盛傳陰謀論，諸如美國製造2019-nCoV在中國引發武漢肺炎之類的謠言。單就Spike protein的變異就知道若用人為的方式製造那麼多Mutation/Insertion/Deletion，Spike protein仍有功能，真的很難辦到，反之，CoV RNA-dependent RNA polymerase可從CoV genome輕易做出 Insertion, deletion, mutation, 並自然篩選出胺基酸變異後仍有功能的Spike protein。 另外，將30 Kb的CoV genome切成五六段用人為的方式做重組及接合，講起來容易，做起來可沒那麼容易，美國犯不著弄出死亡率只有2.2%的CoV來製造武漢肺炎，直接用死亡率35%的 MERS-CoV不是更好嗎？

2019-nCoV與Bat SARS-like CoV最相似，人類感染CoV之後，血中的抗體很重要，目前文獻沒有可測到的Natural antibody against SARS-CoV，但這並不代表血中的抗體完全沒用，某些人感染後沒有明顯的症狀，現存於血中的一群Non-specific antibodies(weakly binding to 2019-CoV spike protein)發揮了作用，「多種」這樣的抗體附著於病毒Spike protein上，可有效延緩病毒進入細胞。被感染的細胞少，NK cell就能清除少量的病毒。

2003年SARS-CoV感染發病一週後就能側到Neutralizing antibody，如下圖所示：
 
SARS-CoV感染發病一週後可測到Low titer  neutralizing antibody，效價(Titer)在發病30天達最高點。
https://academic.oup.com/jid/article/190/6/1119/919111

之前提過B1及B2 cell：
 
SARS-CoV的Neutralizing antibody初期來自B1b及Marginal zone B cell，專一性雖較差(沒有Somatic hypermutation)，但若能及時反應入侵的病毒抗原，盡早產生抗體阻撓病毒迅速擴散，病況可能較輕。病毒感染範圍若擴大開來，Th1 immunity會隨Cytokines (IFN-a, IL-12, IL-18, IL-23)增加而分化出來。Th1 cell分泌IL-2及IFN-g，加上IL-4, IL-25, IL-33, TSLP等Cytokines，刺激Th2分化。Th2 cell 分泌Cytokines促使B cell進一步分化產生抗體。IL-6及IL-21則促進T_FH分化。接著Follicular B cell胞膜上的IgM才會接收抗原，經由T_FH「Help」而活化進入Germinal center進行Somatic hypermutation產生專一性較高的Neutralizing antibody，這可能是發病10天以後的事了。

Neutralizing antibody常緩不濟急，但若能產生，對清除細胞外的CoV多少會有幫助。細胞內的CoV則要靠IFN-a/b/l來清除。