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養過Bacteriophage(l Phage)來做DNA cloning的人都有十分深刻的經驗，l Phage與Ecoli的比例與培養實間要經過冗長的測試，Phage才不會走向Lysogenic cycle，即Phage DNA插進Ecoli chromosome，導致Ecoli對Phage產生免疫力，Phage DNA便無法複製，這樣就養不出Phage，抽不到Phage DNA，實驗就無法進行下去。

   
圖一：Phage與細菌的關係：當Lytic cycle進行時，Phage複製會讓細菌死亡；當Lysogenic cycle進行時，Phage DNA被插進細菌的染色體，細菌會從染色體DNA製造Anti-sense RNA against Phage DNA。

   
圖二：1987年就發現許多細菌染色體存在CRISPR (clustered, regularly interspaced, short palindromic repeats)，但功能不明。2005-2007年才有研究顯示CRISPR來自各種Phage DNA，從CRISPR DNA可製造出Phage DNA的Anti-sense RNA(Guide RNA)，當Phage RNA-DNA hybrid形成之後，Phage DNA就會被細菌的Cas蛋白切斷，Phage DNA就無法在細菌裡面複製。

並非每種細菌都有CRISPR-CAS system，但Phage DNA進入細菌之後，有機制可插進細菌的染色體，細菌再從Phage DNA製造Anti-sense RNA against phage DNA，干擾Phage DNA複製及Phage蛋白合成。Phage vs Bacteria與Virus vs Cell似乎有一樣的基因互動。SARS-CoV-2疫情爆發與mRNA疫苗的研發，Human endogenous reverse transcriptase(HERT)再度被搬上檯面，在此以前Pubmed就有一些冷門的研究顯示，當發炎反應進行時HERT會活化：
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/17493688/
 
圖三：多發性硬化(Multiple sclerosis)病人與正常人的淋巴球接受病毒蛋白刺激後HERT從Day 6-21的活性。
HSV-1：Herpes simplex type 1
HHV-6A：Human herpes virus type 6A
VZV：Varicella-zoster virus
VZV蛋白會刺激多發性硬化病人淋巴球的HERT活性(○--正常人；●--病人)
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https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2883104/
 
圖四：類風濕性關節炎(RA)病人關節內的Synoviocyte HERT的表現量較骨關節炎(OA)、腸躁症(IC)及正常人(NHD)高。
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https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/17614977/

 
圖五：乾癬病人(◇)皮膚HERT較正常人(●)高。

2021年四月PNSA刊登SARS-CoV-2的RNA genome可以在人類細胞經由Reverse transcriptase轉變成ds DNA，然後插進細胞的染色體。如下文：
Reverse-transcribed SARS-CoV-2 RNA can integrate into the genome of cultured human cells and can be expressed in patient-derived tissues
https://www.pnas.org/doi/10.1073/pnas.2105968118
上面論文的觀點引發mRNA疫苗的爭議。人類的mRNA有5'- 與 3'-untranslated region，跟Translated region會形成許多hairpin loop的立體結構，用來區別Self 與 Non-self。Non-self RNA會被細胞內Toll-like receptor(TLR)-3、7/8辨識出來，活化HERT基因，將Non-self RNA轉變成double strand DNA (ds DNA)，ds DNA會插進細胞染色體中，再從染色體製造Anti-sense RNA against viral RNA，一如Phage vs Bacteria之間的互動。三年前HERT在免疫系統扮演的角色一直是個謎，新冠病毒及mRNA疫苗的研究補上這一塊，如果這是真的，外來RNA-->ds DNA崁進神經、心臟、腎絲球、骨髓、生殖等細胞的染色體將對人類造成災難，因為自然感染病毒，若沒發生重症，免疫系統會將外來RNA/ds DNA侷限在不斷死亡/更新的上皮細胞，上皮細胞死亡便隨痰液或糞便排出體外。於是有人對PNAS論文寫了評論：
No evidence of SARS-CoV-2 reverse transcription and integration as the origin of chimeric transcripts in patient tissues
https://www.pnas.org/doi/10.1073/pnas.2109066118

原論文通訊作者MIT教授Rudolf Jaenisch的評論如下：
Eminent MIT scientists defend controversial SARS-CoV-2 genome integration results
https://www.genengnews.com/topics/translational-medicine/eminent-mit-scientists-defend-controversial-sars-cov-2-genome-integration-results/
他的結語是：
We welcome scientific discussions, not politically motivated distortions.

之後2022年二月瑞典的研究人員以BNT疫苗加入肝癌細胞株(Huh-7)，發現Spike protein mRNA真的會促使Reverse transcriptase基因(存在於LINE-1)表現，如下圖：
 
https://www.mdpi.com/1467-3045/44/3/73/htm
圖六：LINE-1基因中的ORF1蛋白螢光染色。BNT疫苗促使LINE-1基因表現增加--BNT組紅色螢光較對照組(Ctrl)強。Hoechst是染細胞核內的DNA。

 
圖七：BNT疫苗加進培養好的Huh-7 cell六小時，把細胞的染色體DNA(Genomic DNA)抽出來做Spike protein DNA的PCR，發現BNT疫苗處理過的細胞Genomic DNA內含有Spike protein DNA---四組BNT都有500 bp PCR product，兩組Control(Ctrl)都沒有。疫苗的mRNA與Huh-7 cell只作用6小時，就會使mRNA--->ds DNA--->Inserted into chromosome DNA，反應非常快，代表mRNA疫苗直接打進人體非常危險，ds DNA會在很短的時間內插入全身細胞的染色體。

這篇文章發表後，又引來許多評論，將來類似的文章要做得更深入才能壓得住那些催打疫苗的專家。