從病人血中的白血球或腫瘤組織純化 Genomic DNA目前最常用來做 PCR,探討遺傳疾病或癌細胞的基因變異。純化過程最後一步是用 Isopropanol + NaOAc DNA 沉澱,並用 70% Ethanol 清洗 DNA,然後使之乾燥,但有許多問題會影響接下來的 PCR 實驗

1.
沉澱後的 Genomic DNA 難溶於TE buffer (或水)
2. Genomic DNA
溶於TE buffer (或水),但呈現黏稠狀,加熱會變澄清,回室溫又逐漸呈現黏稠狀。

如果有以上兩種情況很麻煩,原因是蛋白質沒清乾淨 (Phenol/Chloroform 萃取)。因為 Genomic DNA 的長度無限,若與蛋白質糾纏一塊兒沉澱下來,你很難再將蛋白質除去。之前的文章有提及,在做 Phenol/Chloroform 萃取前,將 Sample 分成 1/32/3 的兩管,先萃取 1/3 那一管。如果發生 DNA 沉澱難溶或溶解後呈黏稠狀,算是純化失敗你不要用這種 DNA去做 PCR,硬做下去,結果會讓你失望。你必須寄望於剩下的 2/3 那管 Sample,再加一點 Proteinase K,讓蛋白質完全分解,重新做萃取與沉澱。

如果你已經沒有剩下的 Sample 怎麼辦?設法救救那個劣質的 Genomic DNA

將約 0.5 ml 1% SDS (in TE) 加入上述難溶或溶解後呈黏稠狀的 Genomic DNA,然後加熱至 80oC 30分鐘。接著加入 Proteinase K 置於 50 oC overnight 使蛋白質分解,然後是萃取與沉澱,希望這樣能挽救 Genomic DNA

PCR1-2 mg Genomic DNA 綽綽有餘。品質差的 Genomic DNA,你用 10 mg 照樣做不出來。

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